Pomimo dobrych stosunków, między Litwinami i Polakami wybuchały od czasu do czasu konflikty. Ich powodem było na przykład domaganie się zwrotu Podlasia, Wołynia i Ukrainy, które król przyłączył do Polski przed zawarciem unii. Mieszkańcy Litwy uważali też za niesprawiedliwe to, że w izbie poselskiej i senacie zasiadało o wiele więcej Polaków.
Król Zygmunt II August odebrał Litwinom Podlasie, Wołyń i Ukrainę w odpowiedzi na ich ucieczkę z Lublina i odmowę rozmawiania z Polakami.