Według cesarza Kraków nie dotrzymał warunków nadania mu statusu miasta wolnego i udzielał schronienia spiskowcom, od 1830 r. stał się centrum konspiracji przeciwko zaborcom, aż w 1846 r. doszło tu do wybuchu powstania. Złamanie ustaleń o zachowaniu neutralności spowodowało, że władcy Austrii, Prus i Rosji podjęli decyzję o likwidacji Wolnego Miasta Krakowa i wcieleniu tych ziem do Austrii.
Przez cały okres zaborów Kraków pełnił funkcję duchowej stolicy Polaków – miała na to wpływ istniejąca tam autonomia, wolność języka, możliwość ciągłego rozwijania się kultury polskiej i oczywiście Zamek Królewski na Wawelu, który stanowił symbol polskości.