Terror, publiczne egzekucje, zsyłki na Sybir zniechęcały powstańców do walki,
Olbrzymia różnica w liczebności i zasobach oraz przygotowaniu obu armii, na korzyść Rosji,
Konflikty wewnętrzne między liderami stronnictw „białych” i „czerwonych”,
Brak wyszkolenia i słabe uzbrojenie polskich oddziałów,
Brak pomocy ze strony państw zachodnich – nikt nie chciał się uwikłać w wojnę z Rosją w obronie Polaków,
Odciągnięcie chłopów z Królestwa od powstania dekretem uwłaszczeniowym, wydanym przez cara Aleksandra II w marcu 1864 r.,
Rozbicie konspiracji i aresztowanie Romualda Traugutta – został stracony na stokach cytadeli warszawskiej – osłabienie morale walczących,
Rozbicie oddziału księdza Stanisława Brzóski – koniec powstania.
Romuald Traugutt w trakcie swojej dyktatury korzystał z pseudonimu Michał Czarniecki. Jednoosobowo podejmował decyzje w sprawie dalszych działań powstańczych, przeprowadził reformę organizacji wojskowej. Zdawał sobie sprawę z wagi, jaką miało przyciągnięcie chłopów do powstania, dlatego wydał rozkaz karania śmiercią ziemian, którzy nadal zmuszali chłopów do pańszczyzny. Niestety jego działania były opóźnione, ukaz carski o uwłaszczeniu skutecznie odciągnął chłopów od powstania i przypieczętował jego porażkę.