Protestanci otrzymali prawo do pełnienia urzędów publicznych oraz przebywania w całym kraju. Poczęto bronić ich także przed prześladowaniami ze względu na religię, którą wyznają. Uprawnienia hugenotów i katolików różniły się jednak głównie w sprawie tego, czy kult religijny mógł być prowadzony publicznie. Protestanci nie mogli pełnić obrzędów religijnych poza wyznaczonymi miejscami, w co nie wliczał się m.in. Paryż.
Edykt nantejski był swego rodzaju kompromisem, który został narzucony katolikom, aby obie strony konfliktu zaakceptowały panowanie Henryka IV.