Reformacja w Europie spotkała się z żądaniem wielu duchownych zwołania soboru powszechnego w celu przeprowadzenia niezbędnych reform i zmian wewnętrznych w Kościele. Ostatecznie został on zwołany przez papieża Pawła III na 1545 r., gdzie ostatecznie z koncepcją reformy Kościoła i porozumienia z protestantami zwyciężyła koncepcja twardej walki, stąd ten czas uznaje się za początek kontrreformacji. Rozpoczęto także walkę z reformacją, powołując Inkwizycję czy Indeks ksiąg zakazanych.
Następstwem zdecydowanej, choć spóźnionej reakcji Kościoła stała się rywalizacja między dwoma wyznaniami, zakończona krwawymi wojnami religijnymi.