Loyola odrzucał zasadę bezpośredniej relacji Chrystusa z wiernymi, mocno podkreślając pośredniczą rolę Kościoła. Kościół miał być niepodważalnym interpretatorem woli boskiej. Podkreślał istotę przyjmowania wszystkich sakramentów (w kościołach reformowanych ograniczonych do dwóch). Wychwalał on także bogate zdobnictwo i przepych kościelny, z którymi zrywały kościoły protestanckie. Jasno zaprzeczał także wszystkim protestanckim postulatom o demokratyzacji Kościoła, podkreślając rolę zarówno kapłana, jak i hierarchii kościelnej, której zdanie było niepodważalne.
Ignacy Loyola zrywał z tendencją Kościoła do dostosowywania się do postulatów reformacji, twardo opowiadając się za powrotem do dawnych stosunków.