Kościół wojujący miał stanowić spójną siłę, będąca pod dyktandem hierarchii kościelnej. Sensem tej idei miała być odbudowa karnej struktury Kościoła, a następnie odbudowa w ramach niego starego systemu dogmatyzmu i posłuszeństwa Kościołowi katolickiemu.
Ignacy Loyola w swoim traktacie Ćwiczenia duchowe sporządził reguły, których powinien przestrzegać każdy dobry katolik. Większość z nich jasno sprzeciwiała się reformatorom.