Najsilniejszą działalność, za przyzwoleniem tamtejszych władców, inkwizycja prowadziła w Hiszpanii, Portugalii oraz Włoszech.
Reformacja spotkała się ze sprzeciwem możnych w niektórych krajach, co umożliwiło w nich swobodną działalność instytucji kontrreformacyjnych. Instytucje inkwizycji np. W Hiszpanii funkcjonowały ze wsparciem państw jeszcze przed rozpoczęciem reformacji.