Poważna reakcja Kościoła rozpoczęła się w latach 40. – wcześniej założono z inicjatywy Ignacego Loyoli Towarzystwo Jezusowe, które jednak nie było oficjalną inicjatywą Kościoła – z inicjatywy papieża Pawła III w 1542 r. powołano Święte Oficjum, a 3 lata później zwołano sobór trydencki.
Biorąc, pod uwagę, że za datę początku reformacji uważa się rok 1517, Kościół rozpoczął reagowanie na reformację ok. 25 lat po jej rozpoczęciu.