Kościuszko po objęciu władzy jako Naczelnik powstania miał nadzieję na powołanie około 30 tysięcy osób chętnych do walki z zaborcą. Zamierzał skorzystać z doświadczenia, które nabył, będąc w Stanach i we Francji, jednak musiał zderzyć się z realiami Rzeczpospolitej, które bardzo różniły się od tych zachodnich krajów. Na wezwanie stawiło się tylko około 2 tysiące, dlatego jego nadzieje spaliły na panewce. Zdecydowana większość obywateli nie miała ochoty sięgać po broń – prosperująca Rzeczpospolita była dla nich krajem, w którym szlachta miała wszystko, a chłopi – nic. Nie mieli więc motywacji do tego, by walczyć.
Powołał oddział kosynierów, czyli wojowników uzbrojonych wyłącznie w kosy. Dzięki ich odwadze, waleczności i zdecydowanemu atakowi Rzeczpospolita wygrała w bitwie pod Racławicami. Nie była to potyczka, która w ogromny sposób przechyliłaby szalę zwycięstwa na stronę Polaków, jednak informacja o triumfie szybko się rozeszła i umocniła morale pozostałych mieszkańców kraju.
Niedługo potem Kościuszko stworzył Uniwersał połaniecki, który dał chłopom wolność osobistą, czyli zapewnienie, że będą mogli przenosić się kiedy i gdzie tylko będą chcieli. Obniżał także pańszczyznę – odtąd ci, którzy musieli pracować dla swojego pana przez pięć dni, pracowali przez trzy.
Wkrótce doszło do bitwy pod Szczekocinami, która okazała się porażką. Stało się tak dlatego, że Prusacy postanowili wesprzeć Rosjan w walce z Polakami. Niedługo potem armia pruska zdobyła Kraków, a wkrótce potem Austriacy natarli na Małopolskę.
Latem 1794 roku wojska rosyjskie i pruskie dotarły pod Warszawę. Polacy postanowili wzniecić powstanie w Wielkopolsce w celu odciągnięcia armii nieprzyjaciela od stolicy. W ten sposób udało im się na chwilę powstrzymać Rosjan i Prusaków od oblężenia Warszawy.
Wkrótce doszło do bitwy pod Maciejowicami, w której Kościuszko postanowił powstrzymać znakomitego generała rosyjskiego przed dotarciem do wojsk znajdujących się pod Warszawą. Niestety Polacy ponieśli klęskę, a samego Kościuszkę uwięziono.
Ostatecznie armia rosyjska zdobyła Warszawę i dopuściła się brutalnych mordów na mieszkańcach. Nie oszczędzała nawet kobiety i dzieci. Stolica skapitulowała.
