Bezpośrednie następstwa rokoszu Lubomirskiego były zdecydowanie negatywne. Przede wszystkim, konflikt ten doprowadził do wybuchu wojny domowej, która zniszczyła wiele miast i wsi, a także pochłonęła wiele ofiar wśród ludności cywilnej. Bitwa pod Mątwami zakończyła się klęską wojsk królewskich i zmusiła Jana Kazimierza do ucieczki za granicę. Doszło również do osłabienia władzy królewskiej, co z kolei przyczyniło się do wzrostu znaczenia szlachty.
Długofalowe skutki rokoszu były jeszcze bardziej dotkliwe. Przede wszystkim, przyczynił się do osłabienia pozycji Rzeczypospolitej na arenie międzynarodowej. W wyniku rokoszu Lubomirskiego doszło do załamania autorytetu monarszego, co było ogromnym ciosem dla państwa. W 1668 r. Jan Kazimierz abdykował, a władzę przejął Michał Korybut Wiśniowiecki, który był powszechnie pogardzany przez szlachtę. Władza w Rzeczypospolitej stawała się coraz bardziej zdecentralizowana, a jej miejsce zaczęła stopniowo przejmować anarchia. Konflikt ten pokazał, że szlachta jest w stanie skutecznie przeciwstawić się królowi i narzucić mu swoją wolę. To z kolei przyczyniło się do powstania kultury politycznej opartej na konflikcie i opozycji wobec władzy centralnej.
Rokosz Lubomirskiego jest uważany za ostatni rokosz w historii Rzeczypospolitej. Po tym wydarzeniu rokosze, jako forma oporu przeciwko władzy królewskiej, przestały występować.