Margaryny produkowane na przełomie wieków XIX i XX zawierały większe ilości tłuszczów trans, które są szkodliwe dla zdrowia, niż margaryny produkowane obecnie.
W czasach, gdy margaryny zaczęły być popularne, w celu zwiększenia ich trwałości i stabilności w temperaturze pokojowej, stosowano proces częściowego utwardzania tłuszczów roślinnych, w wyniku którego powstawały tłuszcze trans. Tłuszcze trans są szkodliwe dla zdrowia, ponieważ zwiększają poziom złego cholesterolu we krwi i obniżają poziom dobrego cholesterolu, co zwiększa ryzyko chorób sercowo-naczyniowych i cukrzycy.