W XVI wieku Kościół katolicki podjął szereg działań w celu powstrzymania reformacji, zwłaszcza w krajach, gdzie była ona szczególnie silna. Wśród tych działań można wymienić kontrreformację, czyli ruch wewnątrz Kościoła katolickiego, mający na celu wprowadzenie zmian i odnowę tej instytucji, zakończony Soborem Trydenckim (1545-1563), na którym uchwalono wiele reform, takich jak m.in. uregulowanie kwestii celibatuduchownych, edukacji kapłanów czy potępienie praktyk handlu odpustami.
Równie istotna była inkwizycja, czyli sądy kościelne, które miały za zadanie rozprawiać się z heretykami i innymi osobami uznawanymi za nieprawomyślne wobec doktryny Kościoła katolickiego. Powołanie Świętego Oficjum i ustanowienie reguł dotyczących procesu inkwizycyjnego umożliwiło sprawiedliwe procesy. Współczesny system sądowy wciąż korzysta z jej dziedzictwa.
Kościół katolicki powoływał różne zakony i bractwa religijne, takie jak Jezuici czy Oratorianie, które miały na celu szerzenie wiary i oświaty, a także zapobieganie rozprzestrzenianiu się herezji. W tym celu podjęto także decyzję o wprowadzeniu systemu cenzury, który miał za zadanie kontrolować treści publikacji, tak aby uniknąć publikacji heretyckich materiałów. W 1559 roku papież Paweł IV ustanowił indeks ksiąg zakazanych, który zawierał listę publikacji, których czytanie było zakazane z powodu herezji lub innych niezgodnych z nauką Kościoła katolickiego treści.
W XVI wieku, w trakcie reformacji, w Niemczech pojawiła się sektą zwana anabaptystami. Jej członkowie przeciwstawiali się praktykowaniu chrztu niemowląt, uważali, że człowiek musi samodzielnie i świadomie dokonać wyboru wiary. Dlatego dopuszczali jedynie chrzest dorosłych. Ich poglądy szybko rozprzestrzeniły się na całą Europę i doprowadziły do założenia nowych grup religijnych, takich jak m.in. menonici, amisze czy bracia morawscy.