Indianie byli niezdolni do pokonania mniej licznych Hiszpanów, gdyż ci dysponowali znacznie bardziej zaawansowaną technologią militarną. Posiadali prymitywną broń palną i artyleryjską, broń białą wykonaną z materiałów o wyższej jakości. Indianie nie mogli się z nimi równać, mając do dyspozycji jedynie prymitywne włócznie, maczugi i proce. Hiszpanie mieli przewagę w dziedzinie taktyki wojskowej i szkolenia. Byli dobrze zorganizowani i zdyscyplinowani w boju. Konkwistadorzy posiadali również doświadczenie w walkach z innymi europejskimi mocarstwami, co pozwoliło im na zdobycie przewagi taktycznej nad Indianami. Ponadto wiele plemion nie było zjednoczonych, nie miało wspólnej strategii lub sojuszników w walce przeciwko najeźdźcom.
Konkwista i podboje hiszpańskie w Ameryce doprowadziły do wymarcia wielu indiańskich cywilizacji i kultur, które miały bogate dziedzictwo artystyczne, intelektualne i naukowe. Niszczenie i plądrowanie miast, jak Tenochtitlán (stolica Azteków) czy Cuzco (stolica Inków), spowodowało utratę licznych artefaktów, manuskryptów i zabytków o ogromnej wartości historycznej i kulturowej.