Kościół katolicki nie zaakceptował tych zasad, gdyż uważał, że oprócz Pisma Świętego, istnieje również Tradycja Apostolska, czyli przekaz i praktyki przekazywane przez apostołów. Kościół katolicki uznaje papieża jako dziedzica Piotra i zwierzchnika całej społeczności wiernych, mającego przywilej interpretacji Pisma Świętego oraz nadzoru nad wierzeniami i praktykami religijnymi. Odrzucenie władzy papieża przez protestantów było sprzeczne z podstawami katolicyzmu i strukturami jego hierarchii.
W katolickiej teologii i praktyce istnieje kult świętych, który obejmuje oddawanie czci świętym, modlitwę dla ich wstawiennictwa oraz wiarę w cudowną siłę relikwii (pozostałości po świętych lub rzeczy z nimi związanych). Był on przez katolików uważany za jeden z podstawowych elementów życia duchowego i religijnego, który pozwalał im na umacnianie poczucia obcowania z cudami i mocą Bożą, zapewniał łączność z Bogiem i jego pośrednikami. Odrzucenie tego zwyczaju oznaczałoby zrezygnowanie z jednego z kluczowych elementów religii przeżywanej.
Katolicyzm uznaje siedem sakramentów, w tym chrzest, Eucharystię, bierzmowanie, pokutę, namaszczenie chorych, święcenia kapłańskie i małżeństwo. Uzasadnia to nauczaniem Pisma Świętego i Tradycji Apostolskiej. Odrzucenie większości sakramentów przez reformatorów protestanckich i ograniczenie ich do dwóch — chrztu i komunii — było sprzeczne z katolickim rozumieniem sakramentów i ich roli w życiu wierzących.
Rezygnacja z tych wszystkich elementów równałaby się z niemal całkowitym odrzuceniem elementów wiary, które stanowiły podstawę jej funkcjonowania od setek lat. Wymagałoby to wielkiego poświecenia i potrzeby reorganizacji struktur kościelnych na całym świecie.
Oficjalnie znani jako Towarzystwo Jezusowe, jezuici zostali założeni w 1540 roku przez hiszpańskiego duchownego Ignacego Loyolę. Zakon zyskał szybko na popularności i rozwinął się w Europie, a następnie rozprzestrzenił na inne kontynenty. Jezuici są znani z ich działalności edukacyjnej i misyjnej, otworzyli także wiele szkół i uniwersytetów na całym świecie.