Za panowania Jakuba I, który objął tron angielski w 1603 roku, zaczął się okres intensywnych konfliktów wyznaniowych spowodowanych zacieśnieniem relacji między protestancką Anglią, kalwińską Szkocją i katolicką Irlandią. Jakub I, sam będąc protestantem, dążył do upowszechnienia go jako religii państwowej. Za obszar swojej aktywności obrał Szkocję, w której władał od 1567 r., pod mianem Jakuba VI. Próbował wprowadzić w niej kościół anglikański z ujednoliconym katechizmem, co spotkało się z wielkim oporem szkockiej społeczności, która groziła monarsze nawet detronizacją. Jego polityka wyznaniowa zaczęła budzić także sprzeciw zarówno ze strony irlandzkich katolików, którzy czuli się marginalizowani z uwagi na brak możliwości decydowania o swoich własnym królestwie – wszystkie decyzje były podejmowane odgórnie przez brytyjski parlament.
Sytuacja pogorszyła się za panowania Karola I, syna Jakuba I. Karol, podobnie jak jego ojciec, był protestantem, ale jego żona, Henrietta Maria Burbon, była katoliczką i Francuzką. To, w połączeniu z polityką represyjną władcy wobec Szkocji, doprowadziło do wybuchy religijnej wojny domowej. Wielu możnych oskarżało króla także o sprzyjanie katolikom i ścisłe związki z jezuitami.
W obliczu tych wydarzeń kościół angielski zaczął się radykalizować, powstał ruch purytanów, który pragnął wyeliminować wszystkie wpływy katolicyzmu w angielskim kościele narodowym. Niedługo później doszło do rozłamów wewnątrz tego ruchu: independenci pragnęli zorganizowania Kościoła na wzór zborów kalwińskich, które były zdecentralizowane i samodzielne. Prezbiterianie uważali, że należy wprowadzić większą centralizację i unifikację Kościoła. Wydarzenia te doprowadziły ostatecznie do wybuchu angielskiej wojny domowej w 1642 roku.
Konflikt między władcami dynastii Stuartów a parlamentem w pierwszej połowie XVII wieku był głównie spowodowany różnicami w podejściu do władzy i rządzenia. Stuartowie dążyli do centralizacji władzy i uznawali swoje prawo do rządzenia jako suwerenni monarchowie. Jednak parlament dążył do zachowania swoich uprawnień i ograniczenia władzy królewskiej.