W związku z nietypowym charakterem Świętego Cesarstwa Rzymskiego, które składało się z wielu niezależnych miast, księstw, biskupstw, a także posiadłości dziedzicznych Habsburgów, jego system polityczny opierał się władzy zwierzchniej cesarza wybieranego przez siedmiu – potem ośmiu – świeckich i duchownych elektorów. Złota Bulla ustanowiła Frankfurt jako miejsce przeprowadzania elekcji, w ramach których władca musiał zaprzysiąc tzw. kapitulacje wyborcze (odpowiednik polskich pacta conventa). W rękach monarchy spoczywała prerogatywa zwoływania Reichstagu, inicjatywa ustawodawcza i prawo do zatwierdzania uchwał sejmowych.
Jedność tak zróżnicowanego tworu państwowego podkreślała instytucja Reichstagu, czyli sejmu Rzeszy – najwyższego organu ustawodawczego. W jego skład wchodził cesarz oraz stany Rzeszy podzielone na trzy kolegia: elektorzy, książęta Rzeszy i reprezentanci wolnych miast. Najniższy stopień organizacji politycznej stanowiły Landtagi – zgromadzenia stanowe, które uchwalały lokalne podatki i ustawodawstwo krajowe.
Rzesza Niemiecka była tworem politycznym składającym się z licznych księstw, miast i terytoriów, na których obszarze funkcjonowały katolicyzm, luteranizm, kalwinizm, anabaptyzm i inne ruchy reformacyjne. Konflikty religijne pomiędzy katolikami a protestantami, miały duży wpływ na polityczną i społeczną sytuację w cesarstwie.