Potępienie myśli kartezjańskiej przez katolików i protestantów można wytłumaczyć tym, że Kartezjusz był pionierem nowego podejścia do filozofii i nauki, które kładło nacisk na racjonalizm i metodę naukową, a nie na autorytet i tradycję. Jego słynne stwierdzenie „Myślę, więc jestem" (Cogito, ergo sum) było podejściem, które podważało tradycyjne źródła wiedzy, takie jak autorytet Kościoła czy Pisma Świętego.
Uczony twierdził, że umysł i ciało są dwiema odrębnymi substancjami, co było sprzeczne z tradycyjnym chrześcijańskim nauczaniem o jedności duszy i ciała. Ta dualistyczna koncepcja była kontrowersyjna i spotkała się z krytyką zarówno ze strony katolickich, jak i protestanckich teologów, którzy uważali, że jego filozofia otwiera drogę do sceptycyzmu i podważały istnienie Boga.
Ta sprawa pokazuje, jak wielki wpływ miała inkwizycja na rozwój nauki w tamtym czasie. Nawet tak wybitni myśliciele jak Kartezjusz musieli zastanawiać się nad konsekwencjami publikacji swoich prac, jeśli były one sprzeczne z oficjalnym nauczaniem Kościoła.