W tym okresie Kościół katolicki w Polsce był instytucją o wielkiej sile, zarówno politycznej, jak i materialnej. Jego wpływy rozciągały się na wszystkie sfery życia, od polityki po kulturę, a jego bogactwo było nieporównywalne z jakąkolwiek inną instytucją w kraju. Zygmunt Stary i Zygmunt August byli gorliwymi katolikami i utrzymywali z nim bliskie relacje. Kościół, z kolei, korzystał z tej bliskości, aby wpływać na procesy decyzyjne i prawne, a także kształtować politykę kraju. Wielu biskupów piastowało stanowiska senatorskie, zaś prymas był interreksem w momencie bezkrólewia. Władza Kościoła była tak silna, że nawet pomimo rosnącego wpływu reformacji w innych częściach Europy, Polska pozostała bastionem katolicyzmu.
Dzięki swoim wpływom, koneksjom, zasadzie celibatu, własnym sądownictwie, dziesięcinie i innym przywilejom, Kościół katolicki był jedną z najbogatszych instytucji w Rzeczypospolitej – posiadał ogromne ilości ziemi rolnych, wsi, a nawet miast i nieruchomości. Dochody z nich, w połączeniu z datkami od wiernych i wsparciem królewskim, sprawiały, że Kościół był niezwykle zamożny, co zauważalne jest w jego współczesnej strukturze. Był on także w zasadzie jedyną instytucją, która oferowała i sprawowała pieczę nad edukacją i kształceniem moralnym społeczeństwa. Klasztory, uniwersytety i szkoły parafialne były głównymi ośrodkami nauki, a księża często pełnili rolę lekarzy, naukowców, nauczycieli i doradców.
