Zdaniem litewskich historyków unia lubelska miała charakter kompromisowy, ponieważ Polsce nie udało się całkowicie inkorporować Litwy z uwagi na protesty szlachty litewskiej. Jednak w zamian udało się jej zapewnić liczne przywileje, w tym otwarcie Księstwa na wpływy polskiej magnaterii, a także zbliżyć się politycznie poprzez jednego władcę, wspólny sejm i senat oraz system monetarny. Były to gwarancje niezawisłości Litwy, która nie musiała obawiać się utraty suwerenności. Z drugiej strony Polska zabezpieczyła się poprzez marginalizację udziału szlachty litewskiej w sejmikach, dzięki czemu ich nieobecność nie paraliżowała obrad.
Unia lubelska zawarta w 1569 roku przyczyniła się do przyjęcia katolickiej wiary jako dominującej religii na terenach Rzeczypospolitej Obojga Narodów.