Zawarcie unii było wynikiem długotrwałych negocjacji i procesów politycznych. Gdy w 1548 roku Zygmunt II August objął rządy w państwie, zaczął dążyć do zacieśnienia unii personalnej z Litwą, która istniała od czasów unii w Krewie. W tym celu powołano specjalną komisję, która zajęła się nowelizacją I Statutu Litewskiego. W 1565 roku Zygmunt II August ustanowił sejmiki powiatowe, co było krokiem w kierunku zacieśnienia unii.
Zawarcie nowej unii przyspieszyło jednak zagrożenie ze strony Rosji Iwana IV Groźnego, z którym Wielkie Księstwo Litewskie nie było w stanie samodzielnie prowadzić wojny. W tej sytuacji, w styczniu 1569 roku, rozpoczęły się obrady sejmu w Lublinie, które miały na celu zawarcie nowej unii.
Unia lubelska przewidywała, że oba państwa będą miały jednego władcę, wybieranego wspólnie przez oba narody. Powołano wspólny Sejm walny, obradujący w Warszawie, który składał się z posłów koronnych i litewskich. Oba człony Rzeczypospolitej zobowiązały się prowadzić wspólnąpolitykę obronną i zagraniczną. Zachowano odrębne urzędy centralne, tytuły i dostojeństwa, a także odrębne wojsko polskie i litewskie. Wprowadzono jednakową monetę, bitą osobno w każdym państwie. Zachowano odrębne języki urzędowe (na Litwie język ruski).
