Zygmunt I Stary był monarchą, który zdecydowanie opowiadał się za katolickim charakterem Królestwa Polskiego. W czasie jego panowania Polska była pod silnym wpływem Kościoła katolickiego, a reformacja, która zaczęła się w Europie, była traktowana z dużą nieufnością. Zygmunt I Stary wydał wiele edyktów przeciwko reformacji, w tym edykt w 1520 roku, który zakazywał, pod rygorem śmierci, drukowania, czytania i rozpowszechniania literatury protestanckiej. Przywrócił siłą katolicyzm w Gdańsku, jednak było to krótkotrwałe – w wyniku stłumienia rewolty kalwińskiej monarcha skazał na śmierć jej przywódców. W 1533 roku wydał kolejny edykt, który nakazywał spalenie wszystkich książek protestanckich. We współpracy z prymasem Janem Łaskim wprowadził sądy inkwizycyjne przeciw dysydentom.
Zygmunt II August, panował od 1548 do 1572 roku, miał bardziej liberalne podejście do spraw religijnych. Choć sam był katolikiem, tolerował różne wyznania i pozwalał na wolność ich wyboru. Znaczne zróżnicowanie religijne w połączeniu z pragnieniem zachowania pokoju, skłoniło go do prób stworzenia kościoła narodowego, który byłby wynikiem kompromisu między wszystkimi głównymi wyznaniami. W 1555 r. wysłał w tym celu delegację do papieża, jednak nie otrzymała ona zgody. W 1562/1563 r. sejm egzekucyjny uchwalił jego postanowienie o zawieszeniu egzekucji starościńskiej, co oznaczało, że biskupi nie mogli wymagać od starostów wykonywania wyroków sądów kościelnych. W czasie jego panowania Polska stała się schronieniem dla osób prześladowanych za swoje przekonania religijne w innych częściach Europy.
