Okres największych wahań eksportu zboża przez Gdańsk przypadał na lata 1560-1660. W roku 1561 zapoczątkowany został okres wojen o Inflanty, region niezwykle ważny w produkcji rolnej i handlu (Ryga należała do Hanzy), co bezpośrednio wpłynęło na spadek eksportu polskiego zboża. Był on także ograniczony z powodu przeznaczenia zboża na cele żywieniowe armii walczącej ze Szwecją i Moskwą. Polskie wojsko bazowało na pospolitym ruszeniu, zatem ściągniecie chłopów i szlachty z ich gospodarstw wiązało się ze zmniejszeniem plonów rolnych.
Mimo że wojny te zostały zakończone traktatem w Jamie Zapolskim w 1582 r., to odnotować możemy tylko niewielki wzrost, po którym następuje znaczący spadek wywołany tzw. małą epoką lodowcową – nagłe oziębienie klimatu, którego szczyt przypadł na lata 1600-1660. Ciosem w handel gdański była także wojna ze Szwecją, tzw. potop szwedzki, który przyczynił się do zniszczenia gospodarki Rzeczypospolitej.
W 1655 roku miał miejsce tzw. potop szwedzki, który był jednym z największych konfliktów w historii Polski. Wojna ta została wywołana przez Szwecję, która zaatakowała Rzeczpospolitą w celu osiągnięcia swoich strategicznych i terytorialnych celów. Potop przyniósł ogromne zniszczenia i upokorzenia dla Polski, a także wpłynął na zmianę układu sił w Europie Środkowej. Ostatecznie konflikt zakończył się w 1660 roku, a jego skutkiem było osłabienie polskiego państwa i wzrost znaczenia innych mocarstw regionu.