Dysydenci nie przewidzieli, że Zygmunt III Waza pozostanie bierny. Król wraz z sejmem nie uchwalili żadnych ustaw sejmowych, które miały zapewnić pokój religijny. Nie istniał też żaden organ regulujący sytuację innowierców w Rzeczypospolitej, więc wszelkie ruchy antyprotestanckie nie spotykały się odpowiedzią władz. W tej rzeczywistości postanowienia konfederacji warszawskiej zależały od starań stanu szlacheckiego, który oddolnie musiał walczyć o zachowanie tolerancji.
Dzięki aktowi konfederacji warszawskiej z 1573 roku Rzeczpospolita zagwarantowała wolność wyznania dla różnych grup religijnych. Dokument ten zapewniał prawo do swobodnego wyznawania katolickiej, prawosławnej, luterańskiej i kalwińskiej wiary. Polacy byli również tolerancyjni wobec innych mniejszości religijnych, takich jak Żydzi. Ta polityka przyciągnęła wielu uchodźców religijnych, którzy szukali schronienia przed prześladowaniami w innych częściach Europy. W rezultacie Polska stała się domem dla różnorodnych społeczności wyznaniowych i przyczyniła się do rozwoju kulturalnego i intelektualnego kraju.