Wojna o Inflanty, a właściwie wojna litewsko-moskiewska (1558–1570) została zainicjowana przez Iwana Groźnego, cara Rosji, który starał się wykorzystać niestabilność polityczną państwa Zakonu Kawalerów Mieczowych do rozszerzenia swoich wpływów i terytorium w rejonie Bałtyku. Jednakże te same pragnienia podzielał Zygmunt II August, który budował silnie stronnictwo propolskie w strukturach władz Zakonu.
Wojna zakończyła się w 1570 r. traktatem szczecińskim, który był w dużej mierze niekorzystny dla Rzeczypospolitej, gdyż zawarto go w myśl zasady aktualnego stanu posiadania. Spowodowało spadek potęgi i wpływów dynastii Jagiellonów w Inflantach, która zatrzymała nabytki w Kurlandii i Semigalii.
W latach 1561–1795 na terenie Inflant istniało Księstwo Kurlandii i Semigalii, będące lennem Rzeczypospolitej. Księstwo to zostało założone przez Gottharda Kettlera, ostatniego mistrza zakonu inflanckiego, który przeszedł na luteranizm. Księstwo rozwijało się jako samodzielne państwo, zachowując pewną autonomię, ale zawsze pozostając lennem Rzeczypospolitej. Interesujący jest fakt, że książęta kurlandzcy prowadzili działalność kolonizacyjną, zakładając m.in. kolonie w Gambii, Tobago, na wybrzeżu Gujany czy w Indiach Zachodnich.