Krajobraz polityczny Polski i Litwy charakteryzował się zdecentralizowanym systemem rządów, w którym znaczna część władzy należała do szlachty. Ta struktura polityczna, w połączeniu ze względną tolerancją religijną, która istniała na tych ziemiach, stworzyła środowisko sprzyjające rozprzestrzenianiu się nowych idei religijnych.
Reformacja wpłynęła na kształtowanie się nowoczesnego społeczeństwa, wprowadzając zmiany w sferze religijnej, społecznej i politycznej. Luteranizm, zainicjowany przez Marcina Lutra, znalazł swoje miejsce przede wszystkim wśród mieszczaństw, które pragnęło zwiększenia swojego wpływu i autonomii, była szczególnie otwarta na nowe idee, które kwestionowały dotychczasowy porządek społeczny i religijny. Luteranizm, z jego naciskiem na gospodarność, pracę na rzecz wspólnoty i dobra doczesne, odpowiadał na te aspiracje.
Kalwinizm zyskał popularność przede wszystkim wśród szlachty. W przeciwieństwie do luteranizmu, oferował bardziej demokratyczną strukturę kościelną, co przyciągało szlachtę, która ceniła sobie swobodę i autonomię. Wpływ na popularność kalwinizmu miał również osobisty kontakt Jana Kalwina z polskim królem Zygmuntem Augustem oraz innymi wpływowymi osobistościami. Szlachta polska była również skłonna do popierania postulatu egzekucji dóbr kościelnych i ograniczenia wpływów Kościoła katolickiego na politykę.
Ważnym aspektem reformacji na ziemiach polsko-litewskich była tolerancja religijna. W przeciwieństwie do wielu innych krajów europejskich, gdzie reformacja prowadziła do konfliktów religijnych i prześladowań, w Polsce i na Litwie panowała stosunkowo duża swoboda wyznania.
Szlachta, która miała decydujący wpływ na politykę Rzeczypospolitej, doprowadziła do instytucjonalnego i prawnego zagwarantowania swobody religijnej. Znaczenie konfederacji warszawskiej dla wyznawców różnych religii chrześcijańskich polegało na stworzeniu atmosfery tolerancji, równości i dialogu religijnego w Rzeczypospolitej.