Chmury kilkukrotnie pojawiają się w utworze. Sokrates po przyjęciu Strepsjadesa do szkoły tłumaczy mu, że powinien wierzyć w chmury, a nie w bogów, ponieważ to one chronią przed słońcem. Ten bezrefleksyjnie przyjmuje ten pogląd i później namawia do tego syna. Gdy Filippides kończy pobierać naukę i zaczyna bić ojca, ten nie znajduje pomocy u chmur, które tak naprawdę nie są obrońcami ludzi, a jedynie osłaniają bogów. Motyw chmur przedstawia ludzką naiwność – nawet najbardziej przekonująca argumentacja nie zawsze będzie słuszna i przed podjęciem decyzji o zrobieniu czegoś należy najpierw dobrze to przemyśleć.
Tytułowe chmury obnażają największe mankamenty filozofii sofistów. Piękna argumentacja bez racjonalnych dowodów może przynieść efekt jedynie wtedy, gdy trafi na wyjątkowo łatwowiernego człowieka, jakim był Strepsjades. Sprowadził na siebie nieszczęście na własne życzenie, a kiedy to zrozumiał, nie miał nikogo, do kogo mógłby się zwrócić z prośbą o ratunek.